国土交通省の２０２１年度予算案は、一般会計が５兆８９８１億円となった。臨時・特別の措置を含む２０年度の当初予算額（６兆７３６３億円）と比べると８３８２億円の減少。２０年度第３次補正予算を加えた「１５カ月」予算額では９兆１８９３億円となる。「流域治水」を始めとするハード・ソフトが一体となった防災・減災対策や個別施設計画に基づくインフラ老朽化対策、生産性向上・成長力強化につながるインフラ整備などを柱とする。

内訳は一般公共事業費が５兆２０２７億円、災害復旧などが５６０億円。非公共事業では行政経費に５９８８億円、その他施設費に４０６億円を充てる。一般会計外では、高速道路の暫定２車線区間の４車線化などに財政投融資２兆００８７億円を活用する。

主な内容をみると、気候変動による水災害リスクの増大に備えるための「流域治水」の考え方に基づき、堤防整備、ダム建設・再開発などの対策を加速するため、４９６８億円を計上した。土砂災害防止施設の重点整備など総合的な土砂災害対策の推進費１００３億円とあわせて、ハード・ソフト一体となった総合的な対策を進める。

自治体の流域治水の取り組みを支援するため、防災・安全交付金を増額し、８５４０億円を措置する。そのうち、３０００億円程度を流域治水関連施策に優先的に配分する。

災害時でも輸送ルートが確保されるよう、道路の防災・減災対策も強化する。高規格道路のミッシングリンク解消や４車線化、直轄国道とのダブルネットワーク化などに４３１５億円を充てる。

インフラ老朽化対策は７０７３億円を計上した。事前防災と両輪となる予防保全への本格的な転換を進めることで、将来にわたって必要なインフラ機能を維持しながら、維持管理・更新費用を縮減する。

経済成長の観点からは、三大都市圏の環状道路整備など効率的な物流ネットワークの強化に４１９０億円を充てる。物流だけでなく、都市機能（１３０億円）や航空ネットワーク（１２５億円）　、鉄道ネットワーク（１９１億円）、国際コンテナ戦略港湾（５２３億円）などストック効果を重視した計画的なインフラ整備を推進する。

社会資本整備総合交付金は６３１２億円で、民間投資・需要を喚起する道路竪備やＰＰＰ／ＰＦＩを活用した下水道事業、基幹産業の国内回滞・サプライチェーンの強靱化を目的とした港湾の機能向上などの自治体の取り組みを総合的に支援する。

建設業の生産性向上の観点からは、直轄土木工事の年間総件数の１５％程度を占める大規模設計で３次元デジタル活用を原則化する。

適正な工期の確保に向け、国庫債務負担行為の活用を拡大し、２カ年国債は４３０５億円（２３７０億円増）、ゼロ国債は１７８５億円（４６２億円増）をそれぞれ設定する。