国土交通省は３月３１日、２０２０年度予算を地方整備局や地方自治体などに配分した。一般公共事業と官庁営繕を合わせた配分対象総額は８兆８６０９億２３百万円（前年度比１・０％減）。うち、最終年度となる「防災・減災、国土強靱化のための３か年緊急対策」（１８〜２０年度）の分が９６２５億７０百万円。緊急災害対応に備える保留額分（３５９億３４百万円）を除き、８兆８２４９億８９百万円を配分した。

保留額分を除いた配分額の内訳は直轄事業が２兆８８１４億４３百万円（うち緊急対策分３７０２億２１百万円）、自治体や独立行政法人などへの補助事業が５兆９４３５億４６百万円（５９２３億４９百万円）。補助事業のうち、社会資本整備総合交付金が１兆５０５７億６９百万円（６３２億３４百万円）、防災・安全交付金が１兆９７３９億７５百万円（４８３０億４５百万円）。

一般公共事業費への配分額は８兆７９４９億９７百万円（９６１６億２９百万円）。主な事業別の内訳は▽治水９８７４億９９百万円（２０９６億９９百万円）▽道路整備１兆８８３６億円（１２６１億９７百万円）▽港湾２６７１億１９百万円（４４１億７０百万円）▽空港２００３億７９百万円（ゼロ）▽都市・幹線鉄道８６２億５１百万円（５３億６６百万円）▽新幹線４４３０億円（ゼロ）▽住宅対策５００８億５８百万円（１３億９８百万円）▽市街地整備３２４８億６５百万円（３億円）▽道路環境整備４７１７億３２百万円（１８６億１７百万円）▽都市水環境整備２３８億３３百万円（１６億３２百万円）▽下水道５１５億４２百万円（ゼロ）▽国営公園等３１５億１百万円（同）−となっている。

直轄事業の執行平準化にも配慮し、当該年度に契約し、予算支出を翌年度とする国庫債務負担行為（ゼロ国債）も１２４２億１１百万円を確保した。